Sabor Islamske zajednice u Hrvatskoj je najviše zakonodavno tijelo Islamske zajednice.

Mešihat Islamske zajednice u Hrvatskoj je izvršni organ Sabora Islamske zajednice koji se stara o organiziranju Islamske zajednice i obezbjeđuje uvjete
za upražnjavanje vjerskih potreba muslimana. Na čelu Mešihata je predsjednik. Tu dužnost u ovom mandatnom periodu vrši Muftija Ševko ef. Omerbašić.

Muftija Zagrebaćki je Šrvko ef. Omerbašić. Muftija je osoba koja prema šerijatskim propisima ima pravo i dužnost definirati šerijatske propise.

Medžlis Islamske zajednice je osnovna organizacijska jedinica Islamske zajednice. O funkcioniranju Medžlisa se stara Izvršni odbor Medžlisa na čijem su čelu Predsjednik Medžlisa i Glavni imam. Islamska zajednica u Hrvatskoj ima 13 medžlisa.

Zagrebačka medresa "Dr. Ahmed Smajlović" je islamska srednja škola. Medresa je kao srednja škola verificirana kod Ministarstva prosvjete R. Hrvatske kao srednja škola s pravom javnosti. Započela je s radom školske 1992 / 93. godine dosada je Medresu završilo 13 naraštaja. Medresa ima četiri mješovita odjeljenja sa stotinjak učenika i učenica.